Disordered Structure Refinement
Die Software Disordered Structure Refinement,[1] (DSR) dient der vereinfachten Modellierung von Fehlordnungen in Kristallstrukturen[2] mit der Softwaresammlung SHELXL[3][4][5] von George M. Sheldrick. Sie automatisiert teilweise die dabei notwendigen Änderungen von Textdateien und die Definition von Restraints. DSR enthält dazu eine Datenbank mit ca. 120 gängigen Lösungsmittelmolekülen und Molekülteilen. Diese können mit wenig Aufwand in eine Kristallstruktur eingefügt werden, wobei gleichzeitig chemisch sinnvolle Bindungs- und Winkelrestraints[6] gesetzt werden.
Inhaltsverzeichnis
[Verbergen]Anwendung[Bearbeiten]
DSR kann in einer Kommandozeile gestartet werden. Der Aufruf hat die prinzipielle Form:
dsr [option] (SHELXL-Datei)
Gesteuert wird DSR mit einem speziellen Befehl in der jeweiligen SHELXL-Datei. Dieser hat folgende Syntax:
REM DSR PUT/REPLACE "Fragment" WITH (Atome) ON (Atome oder q-Peaks) PART 1 OCC -21 = RESI DFIX
Der DSR-Befehl muss immer mit REM beginnen, damit SHELXL diese Zeile nicht als eigenen Befehl erkennt. Hinter WITH und ON steht jeweils welches Atom des Molekülfragments aus der Datenbank auf welches Atom oder q-Peak in der Kristallstruktur positioniert werden soll.
Mit dem Ausführen von
dsr -r datei.res
wird der Fragmentfit durchgeführt und die restraints übertragen.
Graphische Oberfläche[Bearbeiten]
Seit 2016 existiert in ShelXle eine graphische Oberfläche zu DSR. Dort können fast alle Aktionen der Kommandozeilenversion ausgeführt werden.
Um ein Fragment in eine Struktur zu übertragen müssen in ShelXle und in der DSR-GUI jeweils drei Atome/q-Peaks markiert werden, um die Position des Fragmentes vorzugeben. Die 3D-Ansicht des Fragmentes zeigt dann eine Vorschau des anschließenden Fragmentfits.
Programmierung[Bearbeiten]
DSR wird von Daniel Kratzert seit 2013 entwickelt (damals noch unter dem Namen „Disordered Solvent Refinement“) und ist ausschließlich in Python programmiert. Daher läuft es in jedem von Python unterstütztem Betriebssystem.
Es steht unter der freien Beerware-Lizenz und kann kostenlos heruntergeladen sowie nach Belieben verändert werden.
Weblinks[Bearbeiten]
Einzelnachweise[Bearbeiten]
- Hochspringen ↑ Daniel Kratzert, Julian J. Holstein, Ingo Krossing: DSR: enhanced modelling and refinement of disordered structures with SHELXL. In: Journal of Applied Crystallography. Band 48, Nr. 3, 1. Juni 2015, ISSN 1600-5767, S. 933–938, doi:10.1107/s1600576715005580 (iucr.org [abgerufen am 7. Februar 2017]).
- Hochspringen ↑ Kristallstrukturanalyse. In: Wikipedia. 24. Januar 2016 (wikipedia.org [abgerufen am 7. Februar 2017]).
- Hochspringen ↑ The SHELX homepage. Abgerufen am 7. Februar 2017.
- Hochspringen ↑ George M. Sheldrick: A short history ofSHELX. In: Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography. Band 64, Nr. 1, 1. Januar 2008, ISSN 0108-7673, S. 112–122, doi:10.1107/s0108767307043930.
- Hochspringen ↑ George M. Sheldrick: Crystal structure refinement withSHELXL. In: Acta Crystallographica Section C Structural Chemistry. Band 71, Nr. 1, 1. Januar 2015, ISSN 2053-2296, S. 3–8, doi:10.1107/s2053229614024218.
- Hochspringen ↑ Gerard J. Kleywegt: Crystallographic refinement of ligand complexes. In: Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography. Band 63, Nr. 1, 1. Januar 2007, ISSN 0907-4449, S. 94–100, doi:10.1107/s0907444906022657.
