Bioinformatik-Harvester
Der Bioinformatik-Harvester (engl. harvester, „die Erntemaschine, -arbeiter“) war eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus, Zebrafisch, Arabidopsis, Drosophila und Ratte. Der Harvester vereinte oder verlinkte den Inhalt von ca. 51 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles Ranking-Verfahren sortierte vorab die Informationen und präsentierte dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit. Die Datenbank war bis 2013 erreichbar.
Inhaltsverzeichnis
Funktionsweise[Bearbeiten]
Der Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder prediction-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die UniProt-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums und die IPI-Datenbank. Die Harvester-Sammlung umfasste:
- Mensch: ca. 72.000 Seiten
- Maus: ca. 54.000 Seiten
- Ratte: ca. 41.000 Seiten
- Zebrafisch: ca. 45.000 Seiten
- Arabidopsis: ca. 34.000 Seiten
- Drosophila: ca. 33.000 Seiten
Bioinformatische Angaben[Bearbeiten]
Die Harvester-Suche vereint folgende bioinformatische Angaben:
Textbasierte Angaben[Bearbeiten]
… von den folgenden Datenbanken:
- Uniprot, weltweit größte Protein-Datenbank
- SOURCE, übersichtliche Darstellung von Geninformationen
- Simple Modular Architecture Research Tool (SMART),
- SOSUI, untersucht Transmembrandomänen
- PSORT, Vorhersage für Protein-Lokalisierung
- Homologene, vergleicht Proteine verschiedener Spezies
- gfp-cdna, Protein-Lokalisierung mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie
- International Protein Index (IPI).
- OMIM, Umfangreiche Datenbank über Genveränderungen im Menschen
Datenbanken reich an graphischen Elementen[Bearbeiten]
Diese Datenbanken werden nicht „gesammelt“, sondern in sogenannten Inline-Frames verlinkt. Inline-Frames sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken „hindurchsehen“. Mehrere solcher Inline-Frame-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.
Folgende Server werden mittels Inline-Frame auf den Harvester-Seiten kombiniert:
- NCBI-BLAST, findet lokale Sequenzübereinstimmungen
- Conserved Domain Database findet Proteindomänen bekannter Funktion
- Ensembl, Automatische Genannotation. Ein Projekt von EMBL-EBI und Sanger-Institut
- Mouse Genome Informatics. Gen-Beschreibung und Phänotyp-Informationen der Maus
- Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung (RZPD) in Berlin/Heidelberg
- STRING, Server für die Darstellung von interagierenden Genen und Proteinen am EMBL
- iHOP, verlinkt Literatur (pubMed) mit Hilfe von Gen- und Protein-Synonymen
- Zfin, Zebrafisch spezifische Datenbank
Linkouts[Bearbeiten]
Linkouts verlinken zu externen Suchmaschinen oder bioinformatischen Service-Einrichtungen.
- Genome-Browser, übersichtliche Darstellung aktueller Genome von der University of California, Santa Cruz
- Mitocheck, Fluoreszenz-movies von siRNA Experimenten in Zellkulturen
- Entrez Gene, Meta-Suchmaschine des National Center for Biotechnology
- PolyMeta, Metasuchemaschine über PubMed, Scirus und andere Quellen Wissenschaftlicher Publikationen
- Google Scholar, Googles Literatursuche
- LOCATE subzelluläre Proteinlokalisations Datenbank (Maus)
Literatur[Bearbeiten]
- U. Liebel, B. Kindler, R. Pepperkok: ‘Harvester’: a fast meta search engine of human protein resources. In: Bioinformatics, 2004 Aug 12, 20 (12), S. 1962–1963, Epub 2004 Feb 26, PMID 14988114
- U. Liebel, B. Kindler, R. Pepperkok: Bioinformatic “Harvester”: a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. In: Methods Enzymol., 2005,404, S. 19–26, PMID 16413254
Weblinks[Bearbeiten]
- Sibylle Orgeldinger: Kleine Fische – große Datenmengen: Der Zebrabärbling ist der neue Star unter den biomedizinischen Modellorganismen, LookKIT: das Magazin für Forschung, Lehre, Innovation 01/2012, Karlsruher Institut für Technologie
- Harvester IV search engine am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) (nicht mehr abrufbar) Web Archive vom 17. Oktober 2011
- Harvester42 eine Suchmaschine mit mehr als 10 globale Suchmaschinen. (nicht mehr abrufbar) Web Archive vom 21. Dezember 2008
- Liebel-Lab am KIT (nicht mehr abrufbar)
